Πρωτεύουσα του νησιού η πόλη Βαθύ : Είναι πρωτεύουσα του νομού Σάμου και με πληθυσμό 7.828 κατοίκους αποτελούσε δήμο πριν τον Καλλικράτη, που έκανε όλη τη Σάμο ένα δήμο. Βρίσκεται χτισμένη αμφιθεατρικά στον κόλπο του Βαθέος. Έχει κακή ρυμοτομία και όλοι οι δρόμοι της, στενωποί κατά το πλείστον, οδηγούν στο λιμάνι. Είναι σημαντικό συγκοινωνιακό αλλά και εμποροβιομηχανικό κέντρο. O περιηγητής μπορεί να επισκεφθεί το Αρχαιολογικό Μουσείο, την Μητρόπολη της Σάμου, στην οποία στεγάζεται και Εκκλησιαστικό Μουσείο, το Μέγαρο της Ηγεμονίας το Βουλευτήριο καθώς και ο Δημοτικός Κήπος στον οποίο υπάρχει και Ήραιο. Τα χωριά του νησιού συνδέονται μεταξύ τους με λεωφορειακές γραμμές που ξεκινούν από την πόλη. Η γραφικότητα του νησιού είναι εμφανής, και γοητεύει τους ξένους.
Τον 6ο π.Χ. αιώνα ο Αρχιτέκτονας Ροίκος έχτισε τον ιδιαίτερο Ιωνικό ναό . Βάρβαροι Ασιάτες έκαψαν το ναό. Ο αρχιτέκτονας Θεόδωρος , γιος του Ροίκου τον ξαναχτίζει μεγαλύτερο και λεπτότερο πάνω στα θεμέλια των προηγούμενων ναών . Το μήκος του ήταν 108,70 μέτρα, το πλάτος του 54,58 μέτρα , και το ύψος 25 μέτρα , είχε 133 μαρμάρινες κολώνες . Σήμερα σώζεται μια μισοκατεστραμμένη από τον περίπτερο, δίπτερο Ιωνικό ναό .Στη μέση του ναού υψωνόταν μεγαλόπρεπο το πανύψηλο άγαλμα της Θεάς Ήρας , αγάλματα του Δία, Απόλλωνα, Αθηνάς κλπ. Γύρω γύρω βρισκόταν οι ανδριάντες των Μαθηματικών , του Πυθαγόρα, του Βαθύλου, περίφημου για την ομορφιά του και αφάνταστος ήταν ο πλούτος του ναού σε έργα τέχνης και αφιερώματα που βρίσκονται.









